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SMARTER Small Ruminants breeding for Efficiency and Resilience

Les petits ruminants, ovins et caprins, s’adaptent aisément aux conditions défavorables de l’environnement, comme les milieux montagneux. Ces animaux ont une certaine résilience naturelle, c’est-à-dire une capacité à maintenir ou retrouver rapidement une production et une bonne santé après avoir été exposés à différents challenges nutritionnels ou sanitaires. L’élevage d’ovins résilients permet d’utiliser des parcelles défavorables où d’autres espèces ne pourraient pâturer, et où la culture est impossible. Smarter a pour objectif d’identifier de nouveaux caractères, des biomarqueurs et marqueurs génétiques, pour sélectionner la résilience et l’efficience. L’efficience alimentaire consiste à évaluer la quantité de nourriture nécessaire pour obtenir une unité de produit animal : viande, œuf, lait. A l’échelle d’une exploitation, de nombreux facteurs sont déterminants pour l’efficience alimentaire, comme les pertes alimentaires, les pratiques de nourrissage, les paramètres de reproduction, les résultats de santé comme la mortalité des jeunes ou la fréquence des maladies, ou encore l’âge d’abattage des animaux (Faverdin et Van Milgen, 2019).

Plus précisément, Smarter a pour but de développer et déployer des stratégies innovantes permettant d’améliorer les caractéristiques liées à la résilience et à l’efficience chez les ovins et les caprins. Les stratégies émergeront de trois façons : en générant et validant de nouveaux traits phénotypiques et génétiques liés à la résilience et l’efficience, en améliorant et développant de nouvelles solutions et outils génomiques pertinents pour la structure des données et la taille des populations, et en établissant de nouvelles stratégies de reproduction et de sélection pour les races et les environnements tenant compte des caractéristiques de résilience et d’efficience. Les caractéristiques clés de résilience et d’efficience sélectionnées pour Smarter, sont l’efficacité alimentaire, la santé (résistance aux maladies), et le bien-être. Les individus seront étudiés pour leur efficacité alimentaire dans le cadre de différents régimes alimentaires (concentrés vs régime à base de fourrage) et à différents âges. Smarter utilise les ovins de lignée RFI et SGI, et les lignées caprines Longévité (LGV⁺/LGV^-). A l’issue du projet s’étendant sur 4 années (fin en 2023), 500 000 animaux auront été phénotypés, et 70 000 génotypés.

Grass2Gas

L’Unité P3R souhaite également mobiliser la diversité génétique animale au service de systèmes d’élevage durables. Pour atteindre cet objectif, il s’agirait de revisiter la diversité génétique avec une perspective agroécologique. Des études sur l’efficacité alimentaire sont menées ; l’objectif étant d’identifier les animaux économes en nourriture, pour améliorer la rentabilité de l’élevage, en diminuant les déchets, et en augmentant le revenu de l’éleveur.

Les émissions mondiales de dioxyde de carbone associées à la fermentation entérique des moutons représentent 2,6 % des émissions agricoles totales (FAOSTAT, 2016). Une stratégie à long terme pour réaliser des réductions cumulatives des émissions de CO₂ consiste à élever des animaux plus efficaces alimentairement, ce qui pourrait théoriquement réduire les émissions de 1 à 3 % par an. L’objectif du projet Grass2Gas est de générer de nouvelles connaissances et de nouveaux protocoles permettant d’évaluer individuellement l’efficacité alimentaire et la consommation d’eau des ovins en pâture. La consommation alimentaire, la consommation d’eau, la croissance et la composition corporelle des animaux sont mesurées.

Les ovins utilisés dans le projet Grass2Gas sont les mêmes que ceux utilisés dans le projet SMARTER. Dans le cadre du projet Grass2Gas, les individus de lignées RFI (Residual Food Intake) nourris avec un régime à base de fourrage, verront leurs émissions de CO2 mesurées à la halle de phénotypage à l’aide d’appareils GreenFeed^r. Faisant partie de deux projets, ces individus révèleront beaucoup de phénotypes différents. Ils pourront ensuite être testés comme substituts aidant à la validation des facteurs impliqués dans les émissions de gaz à effet de serre (métabolites sanguins, poids corporel quotidien, composition corporelle etc). Ces individus seront aussi génotypés pour que des analyses d’association soient effectuées afin de rechercher les régions génomiques sous-jacentes aux émissions de gaz à effet de serre. Enfin, pour peaufiner nos connaissances, des échantillons de jus de rumen seront étudiés pour des analyses de microbiotes, de métabolites et de lipides.

DISPERSAL

Dans les écosystèmes tempérés, les ongulés sauvages et domestiques sont impliqués dans différents processus, comme l'herbivorie et la zoochorie. Ils façonnent ainsi les paysages et les communautés biotiques associées. Le pastoralisme ovin est un mode ancien d'élevage extensif de groupes d'herbivores, connu pour entretenir des communautés végétales diversifiées. La transhumance des animaux est aussi associée à des migrations à grande échelle, et des événements de dispersion à longue distance pour les graines. A des échelles géographiques plus restreintes, l'élevage ovin en rotation améliore la connectivité des plantes de prairie.

Beaucoup de ces ongulés sont grégaires. Les individus peuvent ainsi se déplacer ensemble, coopérer pendant les phases d'alimentation afin de maximiser leurs chances de survie et interagir lors de séquences de toilettage, de jeux ou de conflit. Si de nombreuses études ont été menées sur l'écologie des ongulés sauvages et domestiques, les conséquences de cette vie sociale sur leur efficacité comme vecteur de dispersion des plantes restent peu explorées et méconnues.

L'objectif de cette étude est de comprendre comment certaines caractéristiques de la vie en groupe, agissant sur la survie, la reproduction et les déplacements des individus, affectent en cascade l'efficacité de la dispersion zoochore au sein des écosystèmes. Les enjeux sont de préciser comment la composition et la taille du groupe influencent différentes phases de la dispersion endo et épizoochore sur modèle ovin. L'étude débute en mars 2024 à l'unité P3R.

Lignée MUES

Des recherches ont été effectuées sur une race ovine perdant sa laine, le Black Belly Martinik ; l’objectif était d’introgresser le gène de Mue aux brebis Romanes élevées à l’INRAE, pour s’affranchir des coûts et de la pénibilité de la tonte. Des mesures sont effectuées à différentes périodes de pertes de laine, afin de relever les zones de mues (photos et croquis), et des biopsies cutanées sont effectuées aux endroits où la laine persiste, et où elle a chuté.

Projet SOBRIETE

L’Unité propose de renouveler les approches pour améliorer la production dans le respect de l’environnement. Le projet SOBRIETE (Systèmes Ovins Bas intrants, RésIlients et Economiquement soutenables), inscrit dans le réseau PEI (Partenariat Européen pour l’Innovation), vise à développer un système de production ovine à bas intrants, mettant en avant des pratiques agroécologiques. Ce projet en expérimentation système de polyculture-élevage conduit avec très peu d’intrants, a intégré 110 brebis de race Berrichonne de l’Indre et 110 brebis Romanes. Le choix de la race, la gestion du parasitisme, les modifications de l’assolement, et la valorisation alimentaire des couverts d’intercultures sont étudiés.  

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